Il romanzo si apre con l’Introduzione in cui Manzoni immagina di aver appreso la storia da un vecchio manoscritto di un anonimo scrittore. In questo modo lui prende le distanze da tutto ciò che racconta visto che era stato l’anonimo a scrivere tutto.
Nella prima parte dell’Introduzione Manzoni la trascrive fedelmente, per mettere ben in evidenza la verità storica, ma ad un certo punto il poeta si arresta di fronte uno scarabocchio e quindi comprende che non era il caso più di trascrivere la storia, così com’era scritta, in quella forma ampollosa. Quindi decide di scriverla in forma moderna.
Nell’Introduzione inoltre viene spiegato che il romanzo non parlerà di uomini illustri, di imprese gloriose ma degli umili.
Il romanzo è formato da 38 capitoli e lo si può suddividere in quattro grandi sequenze.
LA PRIMA SEQUENZA: 7-10 NOVEMBRE 1628 (CAP. I-VIII)
Il racconto inizia con i due scagnozzi di don Rodrigo che minacciano il parroco del paese don Abbondio a non celebrare il matrimonio tra due giovani innamorati, Renzo e Lucia. Il giorno dopo il parroco trova delle scuse con Renzo, ma lui riesce a carpirgli il nome di chi si oppone al matrimonio. Il giovane, consigliato da Agnese, la madre di Lucia, si rivolge all’avvocato Azzecca-garbugli ma che per paura non lo aiuta.
Lucia intanto manda a chiamare il suo confessore, padre Cristoforo che promette di andare a parlare con don Rodrigo, ma purtroppo il colloquio ha esito negativo.
Nel frattempo Agnese suggerisce ai due giovani di presentarsi con una scusa e con due testimoni davanti a don Abbondio e pronunciare la formula matrimoniale. Purtroppo anche questo espediente non va a buon fine. Allo stesso tempo i due scagnozzi di don Rodrigo vogliono rapire Lucia. Renzo, Lucia ed Agnese vengono avvertiti della presenza dei rapitori e fuggono verso il convento di fra Cristoforo. Il frate compresa la gravità della situazione, manda Renzo a cercare asilo in un convento di cappuccini di Milano, e Lucia ed Agnese a Monza, presso un convento di monache.
SECONDA SEQUENZA: 11- 13 NOVEMBRE 1628 (CAP. IX-XVII)
Lucia ed Agnese giungono al convento di Monza, dove la giovane va a colloquio con la monaca Gertrude che era stata costretta ad entrare in convento dal padre e che aveva una relazione sessuale con Egidio, un uomo senza scrupoli con il quale aveva anche ucciso una giovane monaca pur di coprire lo scandalo della loro relazione.
Renzo, intanto giunge a Milano, dove mentre è in cerca del convento dei frati, si trova in mezzo a un tumulto popolare esploso proprio l’11 novembre a causa della carestia che ha portato a un malcontento popolare. Renzo si unisce alla massa ed esaltato da questa situazione va in osteria insieme ad altri rivoltosi e un poliziotto in borghese lo fa bere inducendolo a parlare. La mattina seguente viene arrestato perchè considerato uno dei capi del tumulto. Fortunatamente mentre viene condotto in carcere riesce a liberarsi e fugge a Bergamo per rifugiarsi presso un cugino.
TERZA SEQUENZA: 13 NOVEMBRE 1628- FEBBRAIO 1629 (CAP. XVIII -XXVII)
Don Rodrigo saputo che Lucia è a Monza decide di rapire Lucia e cercare di allontanare fra Cristoforo.
Il signorotto chiede aiuto all’Innominato, un potente fuorilegge che può agire ovunque. Con la complicità di Gertrude, Lucia viene rapita e portata al castello dell’Innominato. La giovane donna turberà così tanto il fuorilegge che dopo una lunga notte di pentimento, per tutto il suo passato, decide il mattino seguente di andare dal cardinale Federigo Borromeo che accetta la sua conversione.
Lucia viene liberata e rincontra sua madre. Intanto l’Innominato dichiara ai suo accolti di voler cambiare vita e che loro sono liberi di scegliere del loro futuro.
Don Abbondio viene redarguito dal cardinale Borromeo per essere venuto meno ai suoi doveri sacerdotali.
L’Innominato intanto invia denari al cardinale come risarcimento per i misfatto compiuti contro Lucia.
Intanto Renzo è ricercato dalla polizia ma riesce a sfuggirgli ed avvia un conversazione epistolare con Agnese.
QUARTA SEQUENZA: MARZO 1629- OTTOBRE 1631 (CAPP.XXVIII-XXXVIII)
La povertà nel paese cresce sempre di più, e intanto si diffonde anche il virus della peste.
Intanto don Abbondio e la sua perpetua si rifugiano nel castello dell’Innominato che ormai si dedica ad opere di bene.
Si scatena la caccia agli untori, cioè coloro che si pensava avessero diffuso la peste.
Don Rodrigo viene colpito dalla malattia viene venduto dal capo dei suoi sgherri ai monatti, cioè delle figure che derubano i cadavere degli ultimi loro averi.
Anche Renzo contrae la peste, ma guarisce, una volta ricevute notizie di Lucia la va a cercare. Gli dicono che è al lazzaretto, dove però Renzo incontra fra Cristoforo, che aiuta i malati nonostante anche lui sia stato colpito dalla peste. Il frate consiglia al giovane di perdonare don Rodrigo, essendo morente.
Finalmente Renzo incontra Lucia che gli dice del suo voto di castità, che verrà sciolto dal frate.
La peste grazie ad un temporale scompare. Renzo decide di trasferirsi nel bergamasco anche se la giustizia non lo cerca più.
Don Abbondio dopo aver saputo della morte di don Rodrigo si convince a sposare i giovani. Che si trasferiscono in un paese vicino e vivono felici.
