Dopo la morte di Federico Barbarossa per poco tempo regnò il figlio Enrico.
Il figlio Enrico e la moglie Costanza morirono precocemente, lasciando un figlio di 4 anni che fu affidato al papa Innocenzo III. Il pontefice era un uomo colto con l’intenzione di restituire alla chiesa la supremazia assoluta.
Con l’appoggio del papa Federico II, ormai grande riceve anche la corona di Germania, oltre quella di Sicilia che già possedeva. Però al papa era stato promesso che non avrebbe mai unito le due corone, quindi nel 1220 cedette al figlio la corona di Germania, Federico fu incoronato imperatore nella basilica di San Pietro da Onofrio III, a cui promise di guidare una crociata in Terra Santa.
Federico non mantenne le promesse fatte al pontefici. Fece della Sicilia il centro di una forte monarchia. Tolse molti privilegi e terre ai nobili che se n’erano impadroniti illegittimamente, rafforzando così il suo potere.
Ai sudditi diede leggi uguali per tutti, dette Costituzioni melfitane, perchè furono promulgate a Melfi, nel 1231 in Basilicata. Queste leggi affermavano l’uguaglianza di tutti i suoi sudditi davanti alla legge senza pregiudizi di religione, classe sociale o reddito e sottolineavano la superiorità dell’imperatore sulla Chiesa, sui nobili e sui Comuni.
Federico II fondò a Napoli l’università che ancora oggi porta il suo nome, trasformò Palermo in un centro di cultura. Egli stesso era un poeta, amante delle arti. Per l’ammirazione che destò tra i contemporanei fu definito Stupor mundi, “stupore del mondo”.
Federico aveva promesso a Onorio III di fare una crociata, ma per molto rimandò la partenza e ciò portò Gregorio IX, il nuovo papa a scomunicarlo e proibì i cavalieri cristiani a combattere al suo fianco. Federico si imbarcò per la crociata e con un accordo riuscì ad ottenere Gerusalemme. Ma al ritorno di questa crociata, cioè la sesta venne accolto da molte critiche, fu accusato persino di eresia.
Quando Federico II cercò di estendere il proprio dominio verso l’Italia settentrionale il pontefice si sentì nuovamente minacciato e non solo, anche a molti Comuni abituati alla loro autonomia ciò non andava bene, quindi si unirono in un’altra lega per sconfiggere Federico II. All’inizio l’imperatore e i suoi seguaci, cioè i ghibellini ebbero la meglio ma successivamente Federico fu nuovamente scomunicato e si trovò davanti un vasto schieramento ostile. In questo clima di ostilità morì anche il figlio Enzo, nel 1249 durante una battaglia, invece Federico nel 1250 morì improvvisamente. Alla sua morte il papa concesse il trono a Carlo d’Angiò, fratello del re di Francia.
Carlo era sostenuto dai guelfi e sconfisse l’esercito ghibellino a Benevento nel 1266, nella quale morì anche Manfredi, figlio illegittimo di Federico II e successore dell’imperatore svevo.
Nel 1268 con la battaglia di Tagliacozzo Carlo eliminò anche Corradino, ultimo discendente della dinastia sveva. Quindi il papa Clemente IV diede la corona siciliana a Carlo.
Gli Angioini divenuti padroni dell’Italia meridionale si dichiararono vassalli del papa e quindi gli giurarono fedeltà.
Il governo di Carlo si mostrò subito ostile ai siciliani. Infatti, spostò la capitale da Palermo a Napoli e impose ai feudatari siciliani ingenti tasse.
Dopo 14 anni di dominio angioino la Sicilia si ribellò , nel 1282 a Palermo scoppiò una violenta insurrezione diventata famosa con il nome di Vespri siciliani, perchè cominciò il lunedì di Pasqua. La ribellione fu appoggiata dal regno spagnolo di Aragona, in quanto il sovrano Pietro III aveva sposato la figlia di Manfredi e quindi voleva rivendicare per sè la corona della Sicila. Questa guerra dei Vespri si trasformò in una guerra per il dominio dell’Italia meridionale fra Angioini e Aragonesi. Il conflitto si concluse dopo vent’anni nel 1302 con la pace di Caltabellotta in cui il territorio normanno venne diviso tra i due. Il sud della penisola rimase agli Angioini, invece la Sicilia passò agli Aragonesi.