Nel XIV secolo sia l’Impero che il papato andarono in crisi. Dopo la morte di Federico II, nessun re scese in Italia per ricevere la corona, nel 1312 ci riuscì Enrico VII di Lussemburgo che si fece incoronare re d’Italia e imperatore di Roma, ma i Comuni guelfi(vicini al papa) si opposero e gli Angioini di Napoli, anche loro di parte guelfa si preparano per combatterli. Nel 1313 Enrico VII morì e quindi il suo intento di creare un impero universale, esteso a tutta la cristianità era tramontato.
Nel 1294 era stato eletto al trono Bonifacio VIII che riuscì a rafforzare il potere della chiesa. Egli si ricorda perchè proclamò il primo Giubileo della storia della Chiesa cattolica,nel 1300 cioè l’anno santo in cui chi si fosse confessato e comunicato e si fosse recato a Roma presso la tomba di San Pietro avrebbe ottenuto l’indulgenza plenaria cioè il perdono di tutti i peccati.
L’anno successivo però ci fu un grave scontro tra il papa e Filippo il Bello, il re di Francia. Il re per finanziare una guerra contro gli Inglesi aveva imposto delle tasse anche agli ecclesiastici francesi, che in precedenza erano esenti e condannò i vescovi che si erano ribellati, allora Bonifacio decise di scomunicarlo. Filippo il Bello non badò affatto a tale scomunica, e appoggiato dagli stati generali che lui stesso aveva convocato per la prima volta, fece accusare il papa di eresia e ordinò la sua cattura.
Il pontefice fuggì ad Anagni ma fu raggiunto dagli uomini inviati da Filippo. Fu imprigionato per poco tempo perchè poi fu liberato dal popolo che era insorto a suo favore. Bonifacio morì poco tempo dopo.
Divenne papa Clemente V, considerando insicura la sede di Roma decise di trasferire la sede pontificia in Francia ad Avignone. Questo trasferimento doveva essere per poco tempo ma durò 70 anni dal 1309 al 1377. Il papato in quel periodo visse in tranquillità , mentre a Roma si verificarono molti scontri. Infatti, nel 1347, in seguito a una sommossa popolare prese il potere un notaio di nome Cola di Rienzo che voleva far tornare Roma al suo vecchio splendore. Tutti si schierarono contro di lui e a seguitò di ciò commise anche delle crudeltà, lo stesso popolo che lo aveva appoggiato poi lo uccise.
Il papa Gregorio XI, nel 1377 decise di riportare la sede papale a Roma. Alla sua morte però vennero eletti due papi, uno francese e uno italiano. Le cose continuarono così per degli anni, ad un certo punto ci furono anche tre papi. Solo nel 1417 un concilio di vescovi tenuto a Costanza depose i due papi ed elesse un nuovo pontefice. Così la Chiesa ritrovò la sua unità.
